不论培根对巴金汉公爵出过什么力，巴金汉对他的报酬却也不能不算丰富。他利用他的势力替培根力谋升迁。结果1616年6月培根被委为枢密会议之一员。1617年3月布瑞克莱爵士（Lord Brackley）退休，培根便继之为掌玺大臣。他在就职典礼中的演词是很典雅堂皇的。1618年1月，官阶的最后一步终于被他升上去了。他受命为英格兰的法相。同时他受了不少的荣宠。1618年7月他被封为外如阑男爵，外如阑是个地名，就是圣奥本斯的拉丁名字。圣奥本斯则是培根的别墅所在地，高阑城附近的一座城市。

此时培根收入既丰，他的居家生活便局面阔绰，气象伟大了。1620年1月是他的60寿辰，他在约克府中很高兴地受一般朋友的庆贺。诗人班疆生（Ben Jonson）也曾参与此会，并且写诗为颂。同年10月培根发表了他的新工具（Novum Organum）一书，此书一出，照麦考莱的说法全欧的贤人学者都极表崇仰。1621年1月培根又得了新的荣华。他被封为圣奥本斯子爵。

培根的一生事业到此可算是登峰造极了。官爵、地位、名望、财富，他统统有了。但是在他得意之中恐怕也免不了要记起他取得这些富贵荣华的时候，有些手段是可耻的吧？他受了国王和巴金汉的嗾使，曾做过好几件昧良丧心的事。如赞成若莱爵士之处极刑；耶外吞检察长（培根友人）被审枉法案之背友；一方已主张与荷兰（西班牙之敌国）签订攻守同盟，且明知英国人民极其憎恶西班牙而同时又赞成国王与其幸臣之与西班牙联盟；又如允许剥削人民的“专卖权”；听任巴金汉干涉司法……等都是他不能辞其咎的。在他的“论交涉”一文中有一段文章开首是这几句：

“同有所需求的人交涉比较同已获所需的人交涉要好的多……”。

这一段文章好象是故意写得有点晦涩似的。可是其中有一种愤懑不平之意，对于作者一生不得不逢迎旨意、奉承权势（先是塞西父子，后是詹姆斯一世及其幸臣）之事颇具牢骚，这是无疑义的。

但是，清算的日子终于来了。从1614年到1621年英国议会未曾召集。但到了1621年，国王因为筹款艰难，仍不得不召集国会。这一届国会的头一件举动就是要求改革“专卖法权”，这一种特权是当时被巴金汉公爵及其党羽利用了来祸国病民的。当时的下议院受了培根敌人科克（Coke）的鼓动，由这个议案进而批评司法界的情形，并列举罪状28款，纠弹法相贪赃枉法。这28款据说其实都是相当微细的，然而其影响却决非微细。培根自己也很明白这件事的背景和意义，所以他奏闻国王时力求国王对议会取抵抗的态度。奏中有语云：“现在要打击你的相师的人恐怕将来也要打击你的王冠。”28年之后，詹姆斯一世的儿子，查理一世，果然被议会所杀。培根的这句话可说是有先见之明了。

但是培根的一切努力终归无效。国王能囚禁科克，而无法援救培根，因为他无法否认自己的罪状。他的受贿确是实有其事，虽然他不承认为了受贿而枉法。然而这个贪官却也正就是“论司法”一文的作者。全篇文章无异是他的判词，但是下面的这几句话尤为恰当：

“最要者节操乃是他们（法官们）的本分和应有的美德……一次的冤判比多次的罪行其害尤大，因为罪行不过搅污了水流，而冤判则搅污了水源……司法之处所是一种神圣的地方，所以不仅裁判席，就是坛阶庭院都应当保持圣洁，不受秽闻贪污之玷。”

培根最后看出情势之无望了。他于是写了封信呈于国王，表示愿受贵族院的裁判。这封信的内容相当矛盾复杂，有悲痛也有忿怒。一方面是高尚的志愿，要使“公道的泉源”更求纯洁，另一方面却是对他的攻讦者的骂詈。写这封信时的培根的心情，大约可于他的“论自谋”一文中见之，因为该篇所述显指他与詹姆斯、巴金汉的以前的关系，而当时贿赂流行，上自国君，下至厮养，无不纳贿者也。

耶外吞所受的苦终于临到培根自己的头上了。詹姆斯和巴金汉都坐视不救。结果他受审于贵族院，被判有罪，罚金4万镑，拘禁于伦敦塔中，住了很短的时间就释放出狱，回到高阑城别墅。此后罚金亦偿还于他，不许接近宫廷之令亦取消。只有不许再入议会一节始终未曾改动。

从文学与哲学的观点看起来，培根的暮年可算是他一生最光荣的时代。“顺境的美德是节制；逆境的美德是坚忍。这后一种是较为伟大的一种德性。顺境是《旧约》所宣布的福祉，逆境是《新约》所宣布的福祉，而新约者乃是福音更大，诏示上帝的旨意更为清晰之书也。”这几句话是写在他失意之后的，从这几句话里我们可以看出来这一场挫折对于他的影响。凡是研究培根的人没有读了这篇“论困厄”而不受感动者。受了身败名裂的刺激之后，培根热烈地转向学问之途，这是曾为他的政治生涯所中断的。在深奥的学术中他找着了一服镇痛剂。在他的“论人性”一文中他很优美地表现了他对于这种工作的欢喜。